A direção é o motor do Agrupamento. Enquanto o Conselho de Agrupamento define as linhas estratégicas do Agrupamento, a direcção deve executar essas orientações, tomar todas as decisões quotidianas necessárias e zelar pelo seu bom funcionamento, quer apoiando as equipas de animação, quer gerindo a logística de todas as atividades e tarefas gerais.

A direcção reunirá, quinzenalmente, sobretudo e normalmente às 1.ª e 3.ª sextas-feiras dos meses de setembro a julho, pelas 21H00, na Sede, conforme o calendário aprovado do Agrupamento (Plano de Atividades).

A direcção do Agrupamento terá a seu cargo as competências descritas no Regulamento Geral do CNE, principalmente o artigo 56.º. Compete, também, a este órgão zelar pelo cumprimento dos Regulamentos do Agrupamento.

A direcção é composta pelo Chefe de Agrupamento,  Chefe de Agrupamento Adjunto, Assistente de Agrupamento, Secretário, Tesoureiro e os Chefes de Unidade ou seus substitutos.

A direcção fica encarregue de acompanhar e colaborar com os dirigentes responsáveis dos serviços.

A direcção está disponível para atender os interessados (pais ou outros) nas reuniões de direção, no entanto solicita-se marcação prévia.